Tout comme en Moto3, les pilotes de la catégorie reine ont également dû composer avec une piste détrempée pour leur deuxième séance du Grand Prix Shell de Malaisie. Face à ces conditions pour le moins précaires, Andrea Dovizioso (Ducati Team) conservait l’avantage grâce à son chrono de référence établi durant la matinée en 2’00.671.
L’Italien, qui a aussi dominé la deuxième session sur le mouillé, concluait la journée avec un peu plus d’une demi-seconde d’avance sur Álvaro Bautista (Pull&Bear Aspar Team).
Troisième, Johann Zarco (Movistar Yamaha MotoGP) s’est quant à lui fait piéger peu avant le drapeau à damier l’après-midi. Un incident heureusement sans conséquence pour le premier représentant Yamaha de la hiérarchie.
Maverick Viñales (Movistar Yamaha MotoGP), victime d’un petit accrochage avec Héctor Barberá (Reale Avintia Racing) au cours de la deuxième séance, pointait au quatrième rang tandis que Marc Márquez (Repsol Honda Team), qui joue une première balle de match ce week-end dans la course au titre, complétait le Top 5.
Suivent Cal Crutchlow (LCR Honda), Karel Abraham (Pull&Bear Aspar Team), Héctor Barberá, Dani Pedrosa (Repsol Honda Team) et Jorge Lorenzo (Ducati Team) sur la liste provisoire des qualifiés en Q2.
Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing) plaçait pour sa part sa Ducati Desmosedici GP17 en 11e position devant Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) et Andrea Iannone (Team Suzuki Ecstar), lesquels devront profiter de la troisième séance d’essais libres pour tenter de figurer directement parmi les pensionnaires de la Q2.
Deuxième pilote français engagé, Loris Baz (Reale Avintia Racing) finissait 16e, intercalé entre les deux KTM de Pol Espargaró et de Bradley Smith (Red Bull KTM Factory Racing). Michael van der Mark (Monster Yamaha Tech3), remplaçant de Jonas Folger, souffrant, était 19e derrière Scott Redding (Octo Pramac Racing).