Segunda Pole Position en la categoría reina para Johann Zarco (Monster Yamaha Tech3). Fue una sesión extraña en la que aparecieron muchos actores invitados. Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing) partirá segundo y se vuelve a meter por cuarta ocasión en primera línea.
Tercero fue Marc Márquez (Repsol Honda Team). El actual líder del Mundial realizó una buena vuelta en su primer intento pese a que casi se va al suelo en la entrada a meta, pero cometió un error al montar los neumáticos de seco en su último run y fue rebasado por el italiano y el francés.
Gran resultado para Aleix Espargaró (Aprilia Racing Team Gresini) en mojado. Encabeza la segunda línea por delante de Jorge Lorenzo (Ducati Team): el balear mostró un gran ritmo durante todo el fin de semana y es uno de los favoritos de cara a la victoria en el Twin Ring Motegi.
Dani Pedrosa (Repsol Honda Team) cierra la segunda fila de parrilla con problemas de adherencia.
Los dos pilotos del Red Bull KTM Factory Team se metieron desde la Q1:, Bradley Smith saldrá 7.º y Pol Espargaró 8.º.
El segundo del campeonato, Andrea Dovizioso (Ducati Team), cerrará la tercera línea. Pese a que rodó en registros competitivos, no acertó a una vuelta.
Mejor clasificación del año para Álex Rins (Team Suzuki Ecstar) con la 10.ª; se estrenó en la Q2. Su compañero Andrea Iannone (Team Suzuki Ecstar) fue 11.º.
Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) optó por una estrategia arriesgada. Partió con el neumático de seco en su primer intento con el objetivo de que la pista se comenzara a secar. Sin embargo, no se secó lo suficiente y no pudo mejorar. Se quedó 12.º a más de 4 segundos de Zarco. Se fue al suelo en la FP4.
Maverick Viñales (Movistar Yamaha MotoGP), que no pasó a la Q2, saldrá 14.º y tendrá que remontar.