Takaaki Nakagami (IDEMITSU Honda Team Asia) logra su primera pole position en el Twin Ring Motegi, Japón, en su Gran Premio de casa. Alex Márquez (EG 0.0 Marc VDS) fue segundo, seguido de Xavi Vierge (Tech 3 Racing) en tercer lugar.
La sesión empezó en condiciones húmedas, con los pilotos optando por neumáticos de mojado. Los pilotos de Marc VDS parecían tener problemas en sus motos, con los mecánicos haciendo cambios en estas. En pista vimos a los pilotos intentando adaptar se a los condiciones, con la pista secando poco a poco.
Cuando la pista estaba bastante seca, los pilotos entraron a los pits por un cambio de neumáticos, todos optando por los slicks. Con la pista todavía secandose, los tiempos iban mejorando. Mattia Pasini (Intaltrans Racing Team) fue el primero mejorando su tiempo y bajando del 1:57, el italiano fue seguido por Miguel Oliveira (Red Bull KTM Ajo), Hafizh Syahrin (Petronas Raceline Malaysia), Sandro Cortese (Dynavolt Intact GP) y Thomas Lüthi (CarXpert Interwetten).
Todos iban mejorando, pero los pilotos de Marc VDS, Alex Márquez y Franco Morbidelli, parecían no encontrar el ritmo. Lorenzo Baldassarri (Forward Racing Team) entro en los pits, al parecer sufrir un problema técnico en la moto. Cuando Márquez, por fin, pareció encontrar su ritmo, mejorando sus tiempos, mientras tanto, Morbidelli todavía luchaba para encontrar ritmo. Los dos pilotos que mejoraron mucho fueron Syahrin y Oliveira, enfrentandose en una batalla por la pole position.
En la fase final vimos muchos pilotos mejorando los tiempos, con 10 segundos para el final, el japonés Takaaki Nakagami logró la primera position, pero Alex Márquez inmediatamente le robó esta posición. Pasini y Vierge también fueron mejorando, pero el japonés todavía tubo una vuelta más para darlo todo.
Takaaki Nakagami lograría finalmente su primera pole position en los últimos segundos de la clasificación, seguido de Alex Márquez y Xavi Vierge que completa la primera línea. Mattia Pasini, Miguel Oliveira, Hafizh Syahrin, Sandro Cortese, Marcel Schrötter, Xavier Siméon y Augusto Fernandez completan el top 10. Thomas Lüthi saldrá duodécimo y Franco Morbidelli decimoquinto.