Los pilotos y los mecánicos ponían la puesta a punto a las motos, la temperatura en pista era de 34º. Los pilotos han salido a pista rápidamente para no encontrarse con el trafico.
40 minutos para decidir la parrilla de Moto3 en Sepang. Muchos pilotos partían con presión a la clasificación por diversos motivos y uno de ellos no comenzaba demasiado bien puesto que el piloto local Zulfahmi Khairuddin se iba al suelo. Tampoco se libraba de la caída en los primeros compases Scott Deroue cuando rodaba en grupo, lo que ha provocado una situación de verdadero peligro. Con mejores sensaciones y rodando ya por debajo del tiempo de la pole de 2013, Efrén Vázquez marcaba la primera referencia en 2:13.348, superando en siete milésimas al piloto australiano Jack Miller. Jasper Iwema también acababa en el suelo.
Jack Miller, que podía haber mejorado el tiempo de Efrén, volvía a boxes a falta de 28 minutos, al igual que hacían los diez primeros clasificados. La falta de grip se hacía evidente en algunos puntos y además de las caída se veían algunos sustos como en el caso de Niccolò Antonelli, lo que invitaba a ser cauto. La humedad y la temperatura más elevadas que en el FP3 dificultada balas cosas y más valía tomarse la sesión con calma, puesto que todavía faltaba más de la mitad de la misma. De hecho, en este punto y sin ir más lejos, Alex Rins estaba decimoquinto.
10 minutos para el final y neumáticos nuevos, ingredientes suficientes para saber que la pole estaba en juego y más cuando Zulfahmi Khairuddin conseguía volver a pista tras un impoluto trabajo de sus mecánicos. También se notaba que la pole estaba en juego porque muchos pilotos esperaban rueda o sitio para tirar en la recta de atrás, en una imagen muy peligrosa. Para colmo y después de ser uno de los pilotos seguidos, Alex Márquez se iba al suelo en una caída en las curvas enlazadas rápidas del circuito. En contraposición, Jack Miller se colocaba primero con un crono de 2:12.450.
Con el récord de la pista ya superado, todavía restaban cuatro minutos para el final y por supuesto, no todo estaba dicho. Danny Kent se tocaba con Juanfran Guevara y ambos se iban al suelo. Al final y sin nadie que pudiera hacerle sombra, Jack Miller conseguía la pole en Sepang seguido de John McPhee, siendo los dos únicos pilotos que conseguían bajar al 2:12. Estarán acompañados en primera fila por Jakub Kornfeil. Por su parte, la segunda fila estará encabezada por Efrén Vázquez y cerrada por Romano Fenati. Entre medias y a pesar de su caída, Alex Márquez partirá quinto.