Tiempo más veloz del día para Andrea Dovizioso (Ducati Team). El italiano sorprendió marcando el mejor tiempo al comienzo de la sesión con un registro de 1:54.877. El resto de pilotos marcaron sus tiempos al final de la FP2.
La lluvia se detuvo en la sesión de la tarde y los tiempos comenzaron a bajarse. Sin embargo, la pista se mantuvo con mucha agua y los pilotos usaron los neumáticos de mojado.
Marc Márquez (Repsol Honda Team) cayó en la curva 4 del Twin Ring Motegi. Intentó salvar la caída, pero se fue al suelo. Finalmente fue segundo y se quedó a 0.043 segundos del tiempo de Dovi.
La sorpresa la protagonizó un Aleix Espargaró (Aprilia Racing Team Gresini) que rodó en posiciones delanteras todo el día; acabó 3.º. Jorge Lorenzo (Ducati Team), quien vivió una de los incidentes del día por la mañana al impactar con Cal Crutchlow(LCR Honda), terminó el día con el cuarto mejor tiempo. Johann Zarco (Monster Yamaha Tech3) completó el top 5.
Los 10 primeros, que en caso de no mejorarse los tiempos mañana pasarían a la Q2 directamente, fueron Danilo Petrucci(Octo Pramac Racing), Andrea Iannone (Team Suzuki Ecstar), Dani Pedrosa (Repsol Honda Team), Cal Crutchlow (LCR Honda) y Álex Rins (Team Suzuki Ecstar)
Llama la atención ver a Maverick Viñales (Movistar Yamaha MotoGP) fuera de los 10 primeros.
Mejoría de la mañana a la tarde de Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP). Mientras que por la mañana fue 19.º, en la FP2 dio un pequeño paso adelante con la 12.ª posición y comenzó a lograr un ritmo mejor.