Temps més veloç del dia per a Andrea Dovizioso (Ducati Team). L’italià va sorprendre marcant el millor temps al començament de la sessió amb un registre de 1:54.877. La resta de pilots van marcar els seus temps al final de l’FP2.
La pluja es va aturar a la sessió de la tarda i els temps van començar a baixar. No obstant això, la pista es va mantenir amb molta aigua i els pilots van usar els pneumàtics de mullat.
Marc Márquez (Repsol Honda Team) va caure al revolt 4 de l’Twin Ring Motegi. Va intentar salvar la caiguda, però sense èxit. Finalment va ser segon i es va quedar a 0.043 segons del temps de Dovi.
La sorpresa la va protagonitzar un Aleix Espargaró (Aprilia Racing Team Gresini) que va rodar en posicions davanteres tot el dia; va acabar 3r Jorge Lorenzo (Ducati Team), qui va viure un dels incidents del dia al matí a l’impactar amb Cal Crutchlow (LCR Honda), va acabar el dia amb el quart millor temps. Johann Zarco (Monster Yamaha Tech3) va completar el top 5.
Els 10 primers, que en cas de no millorar-se els temps demà passarien a la Q2 directament, són Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing), Andrea Iannone (Team Suzuki Ecstar), Dani Pedrosa (Repsol Honda Team), Cal Crutchlow (LCR Honda) i Àlex Rins (Team Suzuki Ecstar)
Crida l’atenció veure a Maverick Viñales (Movistar Yamaha MotoGP) fora dels 10 primers.
Millora del matí a la tarda de Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP). Mentre que al matí va ser 19è, a la FP2 va donar un petit pas endavant amb la 12a posició i va començar a marcar un ritme millor.